东南大学器官芯片研究院是东南大学直接管理的实体化新型科研机构，以东南大学数字医学工程全国重点实验室为依托，联合中大医院、生物科学与医学工程学院、公共卫生学院、生命科学与技术学院等单位科研力量共同设立。

自筹建以来，东南大学器官芯片研究院积极与医疗卫生机构和药物研究机构在基于器官芯片的临床诊疗、药物研发等方面开展深度合作：与江苏省人民医院签订战略合作协议，围绕“人工智能融合类器官功能设计与构建”开展联合攻关；与东南大学附属中大医院成立联合研究中心，通过科研人员双聘、联合学术沙龙、学生联合培养等形式面向临床诊疗开展器官芯片研究；与苏州大学附属第一医院签订 “类器官/器官芯片与人工智能药物评价与转化分中心” 合作共建协议；与中国药科大学原创药物研究院合作共建“器官芯片与原研药联合研发中心”，联合开展基于器官芯片的原研药研制。

2023年12月23日，由中国医院协会主办、南京医科大学第一附属医院承办的“科技创新与医院高质量发展院士论坛”在南京召开。大会上，东南大学器官芯片研究院与江苏省人民医院、江苏运动健康研究院签署“类器官与器官芯片科研及临床应用”战略合作协议，各方将以本次签约为起点，进一步围绕国家和江苏省生物医药、智慧医疗、高端医疗器械等大健康产业的发展需求，在学术交流、平台共建和科研攻关等领域开展全方位、多领域、深层次的合作，推动医院和研究院的科研与成果转化，共同助力科技造福民生事业的发展。

2024年1月17日，东南大学器官芯片研究院与东南大学附属中大医院、江苏运动健康研究院召开合作研讨会，各方就医工结合、科研合作、联合培养等问题充分展开讨论。各方一致同意建立合作具有重要的战略意义，今后将成立联合研究中心，以科研人员双聘制度为抓手，同时开展学术沙龙、学生互换培养等多项落地举措，将临床需求与科研项目紧密结合，进一步推动临床与科研的深度合作。

2024年6月28日，江苏省高水平医院建设暨公立医院高质量发展推进会在南京紫金山庄会议中心紫金厅召开。会上，东南大学器官芯片研究院与苏州大学附属第一医院举行合作协议签约仪式，东南大学器官芯片研究院院长、数字医学工程全国重点实验室主任顾忠泽，与苏州大学附属第一医院院长缪丽燕出席签约仪式，为双方合作共建的“类器官/器官芯片与人工智能药物评价与转化中心”揭牌。

2024年6月29日，江宁高新区召开生物医药产业生态共建活动大会。会上，东南大学器官芯片研究院与中国药科大学原创药物研究院、江苏运动健康研究院签订“器官芯片与原研药联合研发中心”合作共建协议，凝聚各自优势，快速推进新型靶标发现和原研药物研发，降低先导药物研发成本，提高研发成功率。